Yayasan Pondok Pesantren Modern (YPPM) Al Muttaqien adalah sebuah Yayasan Pendidikan yang memiliki jenjang pendidikan dari tingkat Roudlotul Atfal (RA)  sampai dengan tingkat Madrasah Tsanawiyah (MTs), dimana sebagian besar siswa/siswinya bermukim di pondok pesantren modern Al-Muttaqien .
YPPM  Al Muttaqien belum memiliki jenjang pendidikan Lanjutan Tingkat Atas sedangkan minat Siswa/Siswi Lulusan MTs Al Muttaqien sangat tinggi untuk dapat melanjutkan pendidikannya di Pondok Pesantren Modern Al Muttaqien  Atas pertimbangan tersebut maka YPPM Al muttaqien Balikpapan bekerjasama dengan Lembaga Pendidikan Ma’arif Nahdlatul Ulama Balikpapan mendirikan SMK NAHDLATUL ULAMA BALIKPAPAN yang berlokasi di lingkungan Pondok Pesantren Modern Al Muttaqien.

Selain itu, yang juga melatar belakangi pendirian SMK NAHDLATUL ULAMA BALIKPAPAN adalah pemikiran bahwa pendirian sebuah Sekolah Umum Kejuruan merupakan suatu keniscayaan atas kebutuhan umat Islam kelak yang diharapkan mampu mencetak siswa-siswi yang menempati posisi strategis di dunia bisnis dan industri. Mampu mengembangkan semangat keislaman ala Ahlussunnah wal Jama'ah di tempat mereka bekerja serta menjadi pribadi yang mandiri dan kuat dalam memegang nilai-nilai keislaman.  Berpijak pada semua itulah, maka pada tahun 2008 berdirilah SMK NAHDLATUL ULAMA BALIKPAPAN yang diharapkan mampu mewujudkan cita-cita tersebut.